火山活動によって海底が隆起して、ガラパゴスの島々が誕生したと考えられる。全般的に乾燥しており、赤道上にあるものの海流や貿易風の影響で水温は20度程度。気温も25〜30度ほどでそれほど暑くはない。
1835年に博物学者ダーウィンが訪れてこの地でスズメ目の野鳥フィンチを観察し、後に彼は『進化論』を唱える。しかし19世紀は捕鯨船の中継基地となって入植も始まり、食料としてゾウガメが乱獲されるなど動物たちの生態が脅かされた。
現在ガラパゴスでは国を挙げて、自然保護と観光誘致の両立を目指した活動が行われている。島や周辺海域の大半が自然保護区に指定され、自然遺産としては初めて1979年にユネスコの世界遺産に登録された。

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